Toda a actividade sindical do STIF é dirigida pela Direcção Central que, para além de estar estruturada em Pelouros, dispõe de um Secretariado Executivo que assegura a gestão corrente do sindicato.
A fim de coordenar as actividades sindicais a nível regional e de assegurar e reforçar a participação dos associados, a Direcção Central é coadjuvada pelas Direcções Regionais Norte e Sul que funcionam na Delegação Regional Norte e na Sede, respectivamente, e que são representadas em cada instituição da área do STIF por Delegados Sindicais.